1: 2015/07/22(水) 21:49:36.76 ID:???.net
共同発表:水をくんで調べれば、生息する魚の種類が分かる新技術を開発~魚類多様性の調査にもビッグデータ解析時代の到来~
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20150722-4/
水をくんで調べれば, 生息する 魚の種類がわかる ... - 千葉の県立博物館
http://www2.chiba-muse.or.jp/?action=common_download_main&upload_id=17223

画像
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20150722-4/icons/zu1.jpg
図1
沖縄美ら海水族館の黒潮水槽、熱帯魚水槽、深層水槽、マングローブ水槽で検出された種数と飼育された魚でリファレンスとなるDNAの塩基配列を持つ種の比。括弧内の数字はそのパーセンテージ。
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20150722-4/icons/zu2.jpg
参考写真 沖縄美(ちゅ)ら海水族館の黒潮水槽の全景図
成長すると全長10mを越すジンベエザメ3尾が泳ぎ、幅35m・奥行き27m・深さ10mで7,500m3の容積を持つ巨大水槽。


<研究の背景と経緯>
生物多様性の保全や持続可能な生物資源の利用に関する施策を推進することを目的として2008年に「生物多様性基本法」が制定され、その成立を受けて2010年に「生物多様性国家戦略2010」が閣議決定されました。この施策を推進するための基盤となる技術の1つが生物多様性のモニタリングです。ところが、海や川や湖沼で魚の多様性をモニタリングしようとすると、水中に潜って観察したり網などの漁具を使って捕るなど、大きな労力と費用に加えて長期間にわたる調査が必要でした。さらに、日本に生息が確認されている魚だけでも4,000種以上いるため、目視や標本の観察により魚の種類を決めるためには、高度に専門的な知識と経験が必要でした。

一方、魚を含む生物の体表の粘液や糞などとともに放出されるDNAが水中をただよっていることが最近になって明らかになり、「環境DNA」と呼ばれて大きな注目を集めています。DNAの塩基配列には生きものの種類が分かる情報が含まれており、その情報を読み取ることによりさまざまな応用が可能になるからです。実際、環境DNAは外来魚であるブルーギルのすむ溜め池の検出、河川に生息するコイの生物量の測定、さらには特別天然記念物であるオオサンショウウオの生息地の検出などに使われ、日本でも注目すべき成果が上がっています。

環境DNAには特定の魚のDNAだけでなく、多様な生物のDNAが含まれています。これらを同時並行的に分析する技術を開発すれば、今まで労力や時間や費用の点から困難だった魚類多様性のモニタリングが可能になります。環境中のDNAをまとめて分析して生物の種類を判定する技術は「メタバーコーディング」と呼ばれており、次世代シーケンサー注2)という最新の分析機器を使ったシステムが、主に微生物を対象にして確立されてきました。この技術を魚の環境DNAに応用する上での問題は、魚の種を特定できるDNAを環境水から選択的に取り出す技術を確立することでした。本研究は、世界に先駆けて「魚類メタバーコーディング」の技術を開発し、沖縄美(ちゅ)ら海水族館の4つの水槽の水を使ってその性能を検証しました。

<研究の内容> 
魚類のメタバーコーディングを成功させるためには、①どんな魚にも共通する2つの保存的な領域をDNAの塩基配列から探し出さなければなりません。同時に、②その領域に挟まれるDNAの塩基配列は魚の種類が識別可能な十分な「違い」を持っていなければなりません。さらに、③環境DNAは劣化が進んでいることが多く、②の領域の長さは短い方が望ましいと考えられています。

本研究では、これら3つの条件を満たす領域を、魚類880種から得られたミトコンドリアゲノム注3)全長配列を比較することにより探し出しました。

続きはソースで

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引用元: 【技術/遺伝学】水をくんで調べれば、生息する魚の種類が分かる新技術を開発 魚類多様性の調査にもビッグデータ解析時代の到来

4: 2015/07/22(水) 22:00:18.19 ID:+g1vzVJH.net
なるほど~
本人いないけど匂いでさっきまで居たのがわかるとかそういうことですね

5: 2015/07/22(水) 22:00:48.65 ID:wIEmaaza.net
具合が悪くて医者に行ったら 寄生虫がいて あんた川魚食べるねって言われた

6: 2015/07/22(水) 22:02:17.80 ID:kPU+NIds.net
わざわざ沖縄まで行かなくても千葉の川で証明出来るだろ、しかもプールでなんて
水槽でやれ

7: 2015/07/22(水) 22:05:41.61 ID:Ygt72ZjT.net
露天風呂の湯をくんできて分析。環境DNAでどこの誰が風呂っているかわかるように。

10: 2015/07/22(水) 23:02:30.82 ID:MZeekeB5.net
ネス湖で測って来い

19: 2015/07/23(木) 11:07:35.46 ID:J6MHvm6I.net
>>10
ネッシーのDNA配列がわかってないと同定できないという罠

14: 2015/07/22(水) 23:31:54.56 ID:dfbGZNvW.net
漁業に応用したら特定の魚種が絶滅する。
近隣国は資源無視で獲り放題。

16: 2015/07/23(木) 07:33:29.10 ID:gzusy5hx.net
水槽で飼育していた180種のうちの168種を特定できたらしいな

しっかりろ過している水だろうに、そんなにうんちが残っているなんて……

17: 2015/07/23(木) 09:09:08.32 ID:b+mfe8EV.net
俺がおしっこ垂れ流したら俺が川で生息してることになるな

18: 2015/07/23(木) 09:15:23.35 ID:QrCrE2ux.net
既存のデーターをもとに「○○がここに生息している」がわかるわけで
データーに無いものが何であるかまではわからないからな>ネッシー

20: 2015/07/23(木) 12:49:34.31 ID:T0eobw6f.net
同定できないDNAが見つかればいいんじゃないの?

23: 2015/07/23(木) 16:09:02.25 ID:0eMyeA8I.net
>>20
それが新種の鯉出ないことをどうやって証明する?

21: 2015/07/23(木) 14:17:41.23 ID:+0H/EXIw.net
ラーメンスープから秘伝の出汁の配合がバレたり

22: 2015/07/23(木) 15:41:42.16 ID:HxzGSP5B.net
>>21
即席ラーメンのスープ担当者なら再現できるよ。

25: 2015/07/23(木) 16:54:34.04 ID:vYQFtbEH.net
ネッシーとかのレイクモンスターなら遺伝子手元にないけど未知の遺伝子の奴がいるってことで
やはりいるかいないかの証明はできるね

これSFのネタにつかえるし 密室◯人とかあったら部屋にある有機物を掃除機で吸って
同じようにスキャンして照合したら簡単に犯人わかるな

26: 2015/07/23(木) 20:41:23.61 ID:QrCrE2ux.net
>>25
いや、丸ごとDNAが残っているわけでなく、
断片を増幅して特徴的な塩基配列を指紋代わりに「○○がここに居た」と推定するわけで
未知のモンスターの皮膚断片とかがデーターベースに登録してたなら
「AモンスターがB湖に居るかもしれない」と言えるかもしれないが
首長竜や海竜の細胞サンプルが採取はどうかな?

某サイエンスエンターティナーは「すでに飼育されてますよ」と主張してるらしいが

31: 2015/07/24(金) 00:25:55.18 ID:JXabYWqmz
>>25
基本的には既存の得られたハッシュから居るいないを判定するだけでしょ
劣化したのを補完したりするのは統計的なクラスタリングとかで
どれに一番にているかを判定するといった具合

既知のどの生物とも似ていない新型の生物の前では無力
ネッシーのDNAが混ざっても既存の何かに誤認識されるか
損傷が激しすぎ(p値がでかすぎる)と捨てられると思う

32: 2015/07/26(日) 09:48:06.66 ID:4qVBumwU.net
というか環境中にDNA(の断片?)が存在している事が驚愕だろ
それが生物の進化や発生にどう影響してるかだな
もし、地球上の生物が全て絶滅したとしても、環境中にDNAの断片が残っていれば、
新たに生命が発生する可能性は少しばかり高くなるだろう

30: 2015/07/24(金) 00:14:23.06 ID:4+lNBGOP.net
水道水かミネラルウォーターを持ってって調べてもらうか