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ストレージ

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1: 2015/04/29(水) 08:45:52.89 ID:???.net
巨人Googleがパーソナル・ゲノム・サービスに本格的に参戦 その野望とは!?|健康・医療情報でQOLを高める~ヘルスプレス/HEALTH PRESS
http://healthpress.jp/2015/04/google.html

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(前略)


グーグル・ゲノミクスの真の狙いは何か?

 2014年夏、アメリカ西海岸はここ数年、酷暑続きだったが、ビジネスシーンも過熱していた。インターネットの巨人Googleが、ヒトゲノムデータの蓄積・処理・検索や解析・共有を支援するクラウド・サービスのグーグル・ゲノミクスをついに立ち上げたからだ。

 Googleは、老化や加齢に伴う疾患する先進ベンチャーのCalico(キャリコ)、パーソナル・ゲノム・サービスの23アンド・ミーのほか、がんや心臓発作の兆候を発見する研究部門Google Xなどを支援しながら、長年にわたってゲノム解析技術やゲノムストレージサービスの開発に携わってきた。グーグル・ゲノミクスは、そのひとつの集大成ともいえる研究機関対象の
ヒトゲノム・データベースサービスだ。

 グーグル・ゲノミクスは、クラウドにヒトゲノム(ヒトの全遺伝情報)のデータベースを構築し、保管・管理する。ヒト1人のヒトゲノムのデータ容量は100ギガバイトもの膨大な情報量なので、小規模の研究機関の解析キャパを越えるため、大容量のストレージ(記憶装置)がなければ処理できない。年間1人あたり25ドルの低コストで、ビッグなゲノム情報をアップロードし、保存できる。それがグーグル・ゲノミクスの最大の強みだ。

 研究機関などがグーグル・ゲノミクスを利用すれば、クラウドにゲノム情報を保存・管理できるので、ストレージの負担が一気に軽減される。クラウドというオープンスペースにゲノム情報を置くため、例えば、ある遺伝子変異をもつ患者に対する抗がん剤の副作用のデータなどを、研究者たちが共有・共用できるのだ。

 昨年12月、グーグル・ゲノミクスを活用した画期的な自閉症者支援プロジェクトMSSNGがスタートした。自閉症者とその家族のゲノム解析をアシストする自閉症支援団体Autism Speaksは、グーグル・ゲノミクスを援用して、自閉症やアスペルガー障害をもつ人とその家族1万人分のゲノムを解析している。研究者らは、データベースにアクセスするだけで、自閉症の発症を解明する手がかりになる遺伝子変異を探せる。

 自閉症は、3歳までに発症する先天的な脳機能障害だ。発症率は1000人に3人、軽度なら100人に1人と高い。脳機能の異常による認知障害の発症メカニズムは未解明だ。自閉症の子は、自分の世界に閉じこもり、他人に興味を示さず、社会性が乏しい。日常生活の決まりにこだわり、奇妙な行動を繰り返す。視線を合わすことを避け、他人とコミュニケーションするのが苦手だ。

 アスペルガー障害は、自閉症の3つの特徴のうち、対人関係の障害とパターン化した興味や活動を示し、コミュニケーション障害はない。広義では自閉症の1タイプだが、自閉症と異なるのは、知能や言葉の未発達はほとんど見られない。

 「さまざまなサブタイプを詳しくスピーディに解明できるのが、グーグル・ゲノミクスのメリットだ。遺伝子解析を効率よく行えば、個々の患者に合った自閉症の治療法が開発できるだろう」とAutismSpeaksのリズ・フェルド代表は期待を込める。

 このようなヒトゲノム解析の迅速化や低コストを加速させているのは、次世代シーケンサーの進化だ。次世代シーケンサーは、ヒトゲノムの塩基配列を超高速かつ高精度で解読する解析装置。
次世代シーケンサーの大活躍で、大学や研究機関から生まれるヒトゲノムのデータ量はケタはずれに増殖し、天文学的なハイペースで日々累増している。

 1990年に始まり2003年に完了した「ヒトゲノム計画」に投入された巨費は、約30億ドル。今なら、その120万分の1の約2500ドルのコストで解析できる。先述のように、ヒト1人のヒトゲノムをデジタル化するのに必要な容量は、約100ギガバイトだ。この膨大なヒトゲノムデータをクラウドに集約し、物理的に離れた研究者でも共同作業に専念できる研究インフラを構築したのが、グーグル・ゲノミクスなのだ。
 現在、グーグル・ゲノミクスは、1000人ゲノムプロジェクト、イルミナ・プラチナゲノム、110歳以上の超長寿者17人の全ゲノム、自閉症者とその家族の全ゲノムに関わり、蓄積している。近い将来、数百万ものヒトゲノムデータがサーバーに保存されれば、研究者ならだれもが手軽にデータベースにアクセスできる環境が整う。もちろん、このような遺伝子データベースはほかにもあり、グーグル・ゲノミクスの専売特許ではない。 

 しかし、グーグル・ゲノミクスが類似の遺伝子データベースと一線を画するのは、将来にわたって保有するデータベースの巨大さと、そのバリエーションの潤沢さだ。データベースが計り知れないほどに桁違いであればあるほど、疾患に関与する因子や遺伝子変異を特定できる可能性が飛躍的に強まる。つまり、データベースはビッグであるほど、費用対効果も治療パフォーマンスもとてつもなく高まる。

 グーグル・ゲノミクスは、多種多彩な疾患にかかわるヒトゲノムのデータベース化に一貫してチャレンジし続けている。グーグル・ゲノミクスがめざすのは、研究者が一度に何百万もの配列にアクセスできる集中型データベースの構築だ。それは、オーダーメイド医療(個別化医療)のインフラ形成に直結する。

 私たちは、ヒトゲノムの解読が完了したポストゲノム時代に生きている。ヒトゲノムからサンプリングされたDNAの遺伝子情報が矢継ぎ早にデータベース化される。個人の遺伝子情報が国家や多国籍企業の資本や資産となり、生産・流通・消費・管理が加速する。これは、人命や個人のプライバシーの商品化が蔓延するゲノム資本主義そのものだ。だが、今、目にしている光景は、氷山の一角にすぎない。Googleは、ゲノム資本主義の覇者を視野に入れているはずだ。

 今回は、Googleが取り組む研究機関向けのヒトゲノム・データベースサービス、グーグル・ゲノミクスにスポットを当てた。次回は不老不死の研究に明け暮れる医療ベンチャーCalico の躍進ぶりを取り上げよう。

 続きはソースで

引用元: 【情報技術/遺伝学】Googleがパーソナル・ゲノム・サービスに本格的に参戦

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1: 2015/04/07(火) 00:11:35.64 ID:???.net
掲載日:2015年4月6日
http://www.zaikei.co.jp/article/20150406/244027.html

 理化学研究所は、4月1日より新スーパーコンピュータシステム「HOKUSAI GreatWave(HOKUSAI-GW)」の稼働を開始した。

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 理研は1964年以降、様々なスーパーコンピュータを導入し、シミュレーションだけでなく、高エネルギー物理学分野の実験データ処理やライフサイエンス分野でのデータベース検索などに貢献してきた。そして、ジョブの実行待ちの解消、オープンソースやISVアプリケーションの利用、データ処理や実験との連携などを幅広く取り込むことを目指して、新しいスーパーコンピュータの設計・開発を行った。

 命名については、浮世絵の題材の持つ多様性と浮世絵制作の様々な技法が相まって高まる芸術性への情熱は、理研の多様な研究分野と研究者の研究開発に対する情熱に共通するものがあるため、浮世絵師である葛飾北斎の名を取って「HOKUSAI GreatWave (HOKUSAI-GW)」と名付けた。

 HOKUSAI-GWシステムでは、物理学、化学、工学、生物学、医科学といった幅広い研究分野の研究者の所属する理研の研究者の旺盛な計算ニーズに応えていくことを狙っており、実験/シミュレーション/データ解析の融合に向けて、機能の異なる3つの演算システム(ストレージシステム・超並列計算システム・アプリケーション演算システム)を高速ネットワークInfiniBand(FDR 4X)で接続し、それらをあたかも1つの計算システムであるかのように利用できる環境を構築した。

続きはソースで

<画像>
理化学研究所は、4月1日に稼働を開始した新スーパーコンピュータシステム
「HOKUSAI GreatWave(HOKUSAI-GW)」の全景(写真:理科科学研究所の発表資料より)
http://www.zaikei.co.jp/files/general/2015040616143780big.jpg

理化学研究所は、4月1日に稼働を開始した新スーパーコンピュータシステム
「HOKUSAI GreatWave(HOKUSAI-GW)」のシステム概要を示す図(写真:理科科学研究所の発表資料より)
http://www.zaikei.co.jp/files/general/2015040616154520big.jpg

理化学研究所は、4月1日に稼働を開始した新スーパーコンピュータシステム
「HOKUSAI GreatWave(HOKUSAI-GW)」の冷却装置(写真:理科科学研究所の発表資料より)
http://www.zaikei.co.jp/files/general/2015040616160540big.jpg

<参照>
新スーパーコンピュータシステム「HOKUSAI GreatWave」が稼働 | 理化学研究所
http://www.riken.jp/pr/press/2015/20150403_1/

引用元: 【スパコン】理研、新スパコン「HOKUSAI GreatWave」を稼働開始

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1: 2015/02/28(土) 20:13:04.43 ID:h8z1U3L/*.net
ライフハッカー編集部 - ニュース・コラム,科学 今日, 07:00 pm

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Gigaom:スイスの科学者たちの研究により、ガラス容器に入れて冷凍することで、DNAのデータを数百万年単位で保存可能であることが明らかになりました。
これによって、世界の情報を保存するための、まったく新しく優れた方法がより身近なものになりました。
2年前、研究者たちはデータをDNAに変換してから取り出してみましたが、あまりにも劣化が早く、長期的なストレージ機器での活用は望めませんでした。しかし、解決策はすでに自然界に存在していたのです。

DNAは冷凍して化石化することで、何百万年も保存することができます。2013年にシベリアで発見された、毛に覆われたマンモスは、4万年を経た化石でありながらも永久凍土という特異条件により、DNAの長い染色体を抽出することができるほど保存状態が良い状態でした。研究者たちは歓喜しました。この発見によって、いつの日かこの絶滅したマンモスのクローンを生み出せるのではという希望が生まれたからです。

ETH Zurich(スイス連邦工科大学チューリッヒ校)の研究チームは、自然の化石化作用が起こるまで何千年も待つことはできないため、DNAの染色体をガラスの容器に入れることで類似効果を実現させました。
New Scientistによると、ガラス製ポッドに入ったDNAを10℃前後で保存すると、2000年後まで正確なデータが抽出可能であり、マイナス18度℃程度では200万年後まで保存可能であるとのことです。
科学者たちは自然由来のコーディング言語を利用して、データをコードしたDNAを作成しました。DNAは一般にはA、C、G、Tの名で知られている4つの化学物質から構成されており、これは私たちがすでにデータ保存のために習慣的に利用している0と1に変換可能です。Quartzが述べているように、これは信じられないほど効率的なシステムです。

(記事の続きや関連情報はリンク先で)
引用元:ライフハッカー[日本版] http://www.lifehacker.jp/2015/02/150228dna_data.html

引用元: 【科学】 人工DNAデータの保存寿命が数百万年に [ライフハッカー]

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