理系にゅーす

理系に関する情報を発信! 理系とあるものの文系理系関係なく気になったものを紹介します!

スポンサーリンク

塩基配列

    このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック
1: 2015/08/25(火) 19:50:25.29 ID:???.net
ハザードラボ 2015-08-24 16:52
http://www.hazardlab.jp/know/topics/detail/1/0/10761.html

no title


 国立遺伝学研究所と東京大学の共同チームは、アイヌ人や日本列島本土人の遺伝情報を解析した結果、遺伝子配列の違いから、縄文人の子孫と見られるアイヌ人と、弥生人の子孫とされる渡来人の混血は、7世紀に始まったと推定する研究結果を8月24日までに発表した。

 日本列島には、おもに北海道に住むアイヌ人、琉球諸島のオキナワ人、日本各地に分布して生息する本土人の3種類の人類集団が居住している。
国立遺伝学研究所の斎藤成也教授らのチームは、性染色体以外の遺伝情報を調べて、60万カ所で見られる遺伝子配列の違いを解析した。

 その結果、毛髪と歯、顔の造形に関係する2つの遺伝子の近くに存在する塩基配列が異なる部分の解析から、アイヌ人と日本列島本土人には大きな違いがあることが判明した。

続きはソースで

画像
国立遺伝学研究所と東大の共同チームが日本列島本土人の混血モデルを解析した図(国立遺伝学研究所の論文より作成)
http://www.hazardlab.jp/contents/post_info/1/0/7/10761/%E6%B7%B7%E8%A1%80.jpg

ゲノム規模SNPデータからみたアイヌ人の特徴と日本列島本土人の成立
http://www.nig.ac.jp/nig/ja/2015/08/research-highlights_ja/20150819-2.html

Unique characteristics of the Ainu population in Northern Japan
http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncurrent/full/jhg201579a.html

引用元: 【集団遺伝学】「アイヌ人と渡来人の混血は7世紀が始まり」…国立遺伝学研究所

「アイヌ人と渡来人の混血は7世紀が始まり」…国立遺伝学研究所の続きを読む

    このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック
1: 2015/08/06(木) 18:10:11.36 ID:???.net
2015年8月6日ニュース「長寿と炎症、テロメアの密接な関係解明」 | SciencePortal
http://scienceportal.jst.go.jp/news/newsflash_review/newsflash/2015/08/20150806_01.html
百寿者の秘訣:健康寿命を延ばす二つの要因を発見 -1,554 名を対象とする大規模高齢者コホート研究-:[慶應義塾]
http://www.keio.ac.jp/ja/press_release/2015/osa3qr0000010ruu.html


炎症と染色体の末端にある塩基配列の長さが長寿と深い関係を持つことが、超高齢者を対象とした慶應義塾大学と英ニューカッスル大学の研究チームによる大規模調査で明らかになった。

さまざまな副作用がある現在の抗炎症薬に代わる安全な代替薬が開発できれば、高齢者の生活の質を大きく改善し、さらに老化に伴って炎症が起こる理由を解明することで、新しい健康増進法の開発につながることも期待できる、と研究者たちは言っている。

慶應義塾大学医学部百寿総合研究センターの新井康通専任講師、広瀬信義特別招聘教授と英ニューカッスル大学のトーマス・グリニツキー教授らは、100歳以上の超高齢者(684人)とその直系家族、85-99 歳の高齢者、計1,554人を対象に、長寿に関係があると考えられる造血能(貧血)、代謝、肝機能、腎機能の働き、炎症と、細胞老化の指標とされるテロメア(染色体の末端にある塩基配列)の長さを調べた。

この結果、炎症の有無や程度を反映する血液中の生化学的指標である炎症マーカーの値が、100歳以上の超高齢者の直系子孫(血縁のある子供)では低く抑えられており、長寿者の中でも特に炎症マーカー値が低いグループは、認知機能と生活の自立をより長い期間保持しているということも明らかになった。

さらに、100歳以上の超高齢者と直系子孫はいずれもテロメアの長さがより長く保たれていることも分かった。

続きはソースで

no title





引用元: 【遺伝子医学】健康寿命を延ばす二つの要因を発見 1,554名を対象とする大規模高齢者コホート研究

健康寿命を延ばす二つの要因を発見 1,554名を対象とする大規模高齢者コホート研究の続きを読む

    このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック
1: 2015/07/22(水) 21:49:36.76 ID:???.net
共同発表:水をくんで調べれば、生息する魚の種類が分かる新技術を開発~魚類多様性の調査にもビッグデータ解析時代の到来~
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20150722-4/
水をくんで調べれば, 生息する 魚の種類がわかる ... - 千葉の県立博物館
http://www2.chiba-muse.or.jp/?action=common_download_main&upload_id=17223

画像
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20150722-4/icons/zu1.jpg
図1
沖縄美ら海水族館の黒潮水槽、熱帯魚水槽、深層水槽、マングローブ水槽で検出された種数と飼育された魚でリファレンスとなるDNAの塩基配列を持つ種の比。括弧内の数字はそのパーセンテージ。
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20150722-4/icons/zu2.jpg
参考写真 沖縄美(ちゅ)ら海水族館の黒潮水槽の全景図
成長すると全長10mを越すジンベエザメ3尾が泳ぎ、幅35m・奥行き27m・深さ10mで7,500m3の容積を持つ巨大水槽。


<研究の背景と経緯>
生物多様性の保全や持続可能な生物資源の利用に関する施策を推進することを目的として2008年に「生物多様性基本法」が制定され、その成立を受けて2010年に「生物多様性国家戦略2010」が閣議決定されました。この施策を推進するための基盤となる技術の1つが生物多様性のモニタリングです。ところが、海や川や湖沼で魚の多様性をモニタリングしようとすると、水中に潜って観察したり網などの漁具を使って捕るなど、大きな労力と費用に加えて長期間にわたる調査が必要でした。さらに、日本に生息が確認されている魚だけでも4,000種以上いるため、目視や標本の観察により魚の種類を決めるためには、高度に専門的な知識と経験が必要でした。

一方、魚を含む生物の体表の粘液や糞などとともに放出されるDNAが水中をただよっていることが最近になって明らかになり、「環境DNA」と呼ばれて大きな注目を集めています。DNAの塩基配列には生きものの種類が分かる情報が含まれており、その情報を読み取ることによりさまざまな応用が可能になるからです。実際、環境DNAは外来魚であるブルーギルのすむ溜め池の検出、河川に生息するコイの生物量の測定、さらには特別天然記念物であるオオサンショウウオの生息地の検出などに使われ、日本でも注目すべき成果が上がっています。

環境DNAには特定の魚のDNAだけでなく、多様な生物のDNAが含まれています。これらを同時並行的に分析する技術を開発すれば、今まで労力や時間や費用の点から困難だった魚類多様性のモニタリングが可能になります。環境中のDNAをまとめて分析して生物の種類を判定する技術は「メタバーコーディング」と呼ばれており、次世代シーケンサー注2)という最新の分析機器を使ったシステムが、主に微生物を対象にして確立されてきました。この技術を魚の環境DNAに応用する上での問題は、魚の種を特定できるDNAを環境水から選択的に取り出す技術を確立することでした。本研究は、世界に先駆けて「魚類メタバーコーディング」の技術を開発し、沖縄美(ちゅ)ら海水族館の4つの水槽の水を使ってその性能を検証しました。

<研究の内容> 
魚類のメタバーコーディングを成功させるためには、①どんな魚にも共通する2つの保存的な領域をDNAの塩基配列から探し出さなければなりません。同時に、②その領域に挟まれるDNAの塩基配列は魚の種類が識別可能な十分な「違い」を持っていなければなりません。さらに、③環境DNAは劣化が進んでいることが多く、②の領域の長さは短い方が望ましいと考えられています。

本研究では、これら3つの条件を満たす領域を、魚類880種から得られたミトコンドリアゲノム注3)全長配列を比較することにより探し出しました。

続きはソースで

ダウンロード


引用元: 【技術/遺伝学】水をくんで調べれば、生息する魚の種類が分かる新技術を開発 魚類多様性の調査にもビッグデータ解析時代の到来

水をくんで調べれば、生息する魚の種類が分かる新技術を開発 魚類多様性の調査にもビッグデータ解析時代の到来の続きを読む

    このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック
1: 2015/06/29(月) 12:25:34.41 ID:???.net
外見の違い、原因突き止め 京大、ショウジョウバエで発見 : 京都新聞
http://www.kyoto-np.co.jp/environment/article/20150629000029

画像
http://www.kyoto-np.co.jp/picture/2015/06/20150629093357hae.jpg
キイロショウジョウバエ(上)とミズタマショウジョウバエの羽。斑点の有無には特定の塩基配列が関わっている=越川助教提供


 ショウジョウバエ科で羽に斑点のある種とない種の違いを生み出しているのは遺伝子の前後にある特定の塩基配列であることを、京都大白眉センターの越川滋行助教らの研究グループが突き止めた。生物の進化の過程を探る上でヒントになるとしている。

■ほぼ同じ遺伝子、塩基配列で活性化に差

 同じショウジョウバエの仲間でもミズタマショウジョウバエは羽に黒い斑点があるが、キイロショウジョウバエはない。遺伝子はほぼ同じで、違いが生じる理由は分かっていなかった。

 越川助教らは、羽の形成に関係する遺伝子とその前後の塩基配列をこの2種で比較した。

続きはソースで

ダウンロード (3)



引用元: 【分子生物学】ショウジョウバエ科の外見の違い、原因はエンハンサー 京大

ショウジョウバエ科の外見の違い、原因はエンハンサー 京大の続きを読む

    このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック
1: 2015/02/04(水) 06:04:24.83 ID:???*.net
2015.2.2 21:18

 関節が痛む「痛風」の発症のしやすさに関係している複数の遺伝子を新たに発見したと、防衛医大や久留米大、国立遺伝学研究所などのチームが2日、英医学誌電子版に発表した。

ダウンロード (1)


 痛風は生活習慣病の一つだが、発症に遺伝子の関わることが徐々に明らかになっている。防衛医大の松尾洋孝講師は「遺伝子を調べ、リスクが高い人を早期に見つけたり、個人に合わせた治療法を選べるようになったりすると期待できる」と話している。

 チームは、痛風と診断された患者945人と、痛風ではない1213人の遺伝情報を比べた。塩基配列が個人によって1つだけ異なる「多型」と呼ばれる変異を解析し、発症との関連が疑われる16カ所の変異を見つけた。
さらに別の痛風患者らでも調べ、このうち5カ所が発症と関わっていることを確かめた。患者のどの働きの遺伝子に変異があるかを調べれば、適切な薬剤の投与などの治療につながる可能性があるという。

(記事の続きや関連情報はリンク先で)
引用元:産経ニュース http://www.sankei.com/life/news/150202/lif1502020029-n1.html

引用元: 【科学】 痛風発症しやすい遺伝子 早期発見や治療に期待 [産経ニュース]

痛風発症しやすい遺伝子 早期発見や治療に期待の続きを読む

    このエントリーをはてなブックマークに追加 mixiチェック
1: 白夜φ ★ 2014/01/08(水) 23:15:44.90 ID:???

iPS細胞の点突然変異がiPS細胞への転換中に起こることをマウスの実験により発見
2014年1月3日
独立行政法人放射線医学総合研究所

本研究成果のポイント
・iPS細胞※1形成が数百の点突然変異※2を伴うことを証明。
・iPS細胞とES細胞※3のゲノム点突然変異の頻度比較に成功。-ES細胞の変異の数は、iPS細胞の1/10-1/20倍
・iPS細胞ゲノム突然変異発生タイミングの特定。-体細胞からiPS細胞への転換初期に多くの点突然変異が生じる

独立行政法人放射線医学総合研究所(以下、放医研)研究基盤センターの杉浦真由美 元主任研究員 (現奈良女子大学)、笠間康次主任技術員、荒木良子室長、安倍真澄特別上席研究員らの研究チームは、iPS細胞ゲノムに観察される点突然変異は、iPS化の過程の極初期に起きたものであることを発見しました。
これまでは、点突然変異のほとんどがiPS化する前の細胞に既に存在していたと考えられていましたが、これを覆す結果です。
この成果は、米国科学雑誌「Stem Cell Reports」オンライン版に2014年1月3日2時(日本時間)に掲載される予定です。
 
iPS細胞ゲノム(1細胞で約30億塩基対)には数百から1000か所程度の点突然変異が存在することが既に報告されていましたが、これらの多くは、作成に用いた細胞に既に存在していたものという報告が続いていました。
 
研究グループは「iPS化が点突然変異を伴うのか?」という観点で、同じマウス系統からiPS細胞、及び同じ性質を有する幹細胞(ES細胞)を樹立し、最新の高速DNA塩基配列決定装置を用いて詳細な解析を行いました。

世界で初めてES細胞における点突然変異の数を明らかにした結果、iPS細胞は、ES細胞に比べ点突然変異の数が多いこと、更に、iPS細胞に見られた変異の質もES細胞のものと異なることが明らかになりました。
加えて、iPS細胞の細胞集団を1細胞毎に解析し、変異の履歴を追跡することにより、多くの点突然変異がiPS化の転換初期に生じていることも明らかにしました。
 
本成果は、iPS細胞に生じる突然変異の発生メカニズムを理解する上で極めて重要な発見です。

-------------引用ここまで 全文は記事引用元をご覧ください-----------

▽記事引用元 独立行政法人放射線医学総合研究所 2014年1月3日配信記事
http://www.nirs.go.jp/information/press/2014/01_03.shtml
5



【幹細胞】iPS細胞の点突然変異がiPS細胞への転換中に起こることをマウスの実験により発見/放射線医学総合研究所の続きを読む
スポンサーリンク

このページのトップヘ