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解読

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1: 2017/10/12(木) 23:35:46.50 ID:CAP_USER
ネアンデルタール人のゲノム解読、我々の病に影響
統合失調症や悪玉コレステロールとの関連も、クロアチアの化石の全ゲノムを解析
2017.10.10

秋だというのにひどい日焼けをしてしまったとか、関節の調子が悪いのなら、その原因の一端はもしかするとネアンデルタール人にあるかもしれない。(参考記事:「ネアンデルタール人 その絶滅の謎」)
 
5万2000年前のネアンデルタール人女性について、全ゲノムの高精度な塩基配列を決定したことを、ドイツ、マックス・プランク進化人類学研究所の研究者らが科学誌「サイエンス」に発表した。今回、解析されたのはヨーロッパ南部、クロアチアのヴィンディア洞窟で発見されたネアンデルタール人化石。全ゲノムの配列決定はネアンデルタール人では2例目となる。
 
このゲノムや他のネアンデルタール人女性のゲノム、そして大勢の現代人のゲノムの分析から、ネアンデルタール人のDNAがホ◯・サピエンスの遺伝的成り立ちにどのように関係しているか、さらには私たち現代人の健康にどのような影響を及ぼしているかについて、新たなヒントがもたらされている。(参考記事:「現生人類に残るネアンデルタールDNA」)

■遺伝子の1.8~2.6%がネアンデルタール人由来
 
今回の論文によると、ユーラシア系の祖先を持つ人々の全遺伝子の1.8~2.6%がネアンデルタール人の遺伝子に由来しているという。前回の見積もりでは1.5~2.1%だったので、割合がわずかに高くなっている。
 
さらに、今回調べられたネアンデルタール人ゲノムのいくつかの領域が、一部の現代人のゲノム中にある、血中コレステロール濃度、統合失調症、摂食障害、関節リウマチなどのさまざまな健康問題と密接に関連している部分と一致していることも明らかになった。(参考記事:「ネアンデルタール人はゆっくり成長した、研究成果」)
 
研究チームを率いたカイ・プリューファー氏は、すべての病気をネアンデルタール人のせいにしてはならないと釘をさす。遺伝子の発現には、数千まではいかないが数百の因子が影響を及ぼしているからだ。「あくまでも関連があるかないかという話です。特定の遺伝子バリアント(多様体)を持っているから病気になるとかならないとか、そういう話ではありません」と彼は言う。
 
私たちがネアンデルタール人から受け継いだ遺伝子の中には、役に立っているものもあるようだ。「例えば、LDLコレステロール濃度に関連する遺伝子です。ヴィンディア洞窟のネアンデルタール人女性が持っていた遺伝子バリアントは、体を保護する役割を果たすものでした」とプリューファー氏。「悪玉コレステロール」の別名を持つLDLコレステロールは動脈硬化と関連しているため、この遺伝子バリアントはそうした疾患を防ぐのに役立つ可能性がある。

「一般に、ネアンデルタール人から受け継いだものは好ましくないとされていますが、そうとは限りません」(参考記事:「人類はネアンデルタール人から高度な石器文化を受け継いだ?」)

続きはソースで

▽引用元:NATIONAL GEOGRAPHIC 2017.10.10
http://natgeo.nikkeibp.co.jp/atcl/news/17/101000384/
http://natgeo.nikkeibp.co.jp/atcl/news/17/101000384/?P=2


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引用元: 【古人類学】ネアンデルタール人のゲノム解読、我々の病に影響 統合失調症や悪玉コレステロールとの関連も

ネアンデルタール人のゲノム解読、我々の病に影響 統合失調症や悪玉コレステロールとの関連もの続きを読む

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1: 2017/10/10(火) 23:24:22.91 ID:CAP_USER
ドリアンのゲノムほぼ解読、絶滅危惧種保護にも期待 研究
2017年10月10日 9:48 発信地:パリ/フランス

【10月10日 AFP】「運動した後の靴下にテレピン油とタマネギを詰め込んだ」ようなにおいがするといわれる東南アジア産の果物ドリアンに無反応な人はいない。大好きになるか大嫌いになるかのどちらかだ。
 
とげで覆われ独特なにおいを放つ珍味のドリアンは、タイ、マレーシア、インドネシアなどの国々で人気が高い。しかし、そのにおいを理由に公共交通機関や多くのホテルでは持ち込みが禁止されている。
 
このように物議を醸すことの多いドリアンだが、その遺伝子構成に関してはこれまでほとんど分かっていなかった。
 
シンガポール、香港、マレーシアの科学者チームは9日、ドリアンの一般的な品種である「Durio zibethinus」の「DNAの設計図」を発表し、その比類のない特性に関与する遺伝子を明らかにした。
 
こうしたデータは「ドリアン種の多様性に関する理解の向上に不可欠だ」と、研究チームは米科学誌ネイチャー・ジェネティクス(Nature Genetics)に発表した論文に記している。
 
あのにおいを二度と嗅ぎたくないと思っている人はいるだろう。しかし、ドリアン数種をめぐっては絶滅の危機にあるとの懸念が持ち上がっており、DNAに関する知識を深めることは保護活動の助けにつながる可能性がある。
 
ドリアンのDurio属は30品種知られており、中でもzibethinusが世界で最も広く消費されている。

続きはソースで

▽引用元:AFPBBNews 2017年10月10日 9:48
http://www.afpbb.com/articles/-/3146079

ドリアン(2015年7月14日撮影、資料写真)。(c)AFP/Mohd RASFAN
http://afpbb.ismcdn.jp/mwimgs/3/c/700x460/img_3c7f5ccddacc960e2626c1b6bacdea65141024.jpg

▽関連
Nature Genetics (2017) doi:10.1038/ng.3972
Received 21 June 2017 Accepted 18 September 2017 Published online 09 October 2017
The draft genome of tropical fruit durian (Durio zibethinus)
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3972.html
ダウンロード (2)


引用元: 【遺伝情報】ドリアンのゲノムほぼ解読、絶滅危惧種保護にも期待

ドリアンのゲノムほぼ解読、絶滅危惧種保護にも期待の続きを読む

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1: 2017/10/09(月) 00:58:02.13 ID:CAP_USER
ハブの毒に偶然の「進化」 OISTがゲノムを解読、治療応用に期待
2017年10月5日 05:00

【恩納】沖縄科学技術大学院大学(OIST)と県衛生環境研究所のチームがハブ毒のゲノム(全遺伝情報)を初めて解読し、4日発表した。えさを捕まえるのに有利な強い毒だけでなく、弱い毒も次世代に受け継ぎながら進化しており、それが偶然の働き「遺伝的浮動」に基づくことを明らかにした。

ハブの毒には獲物の血圧を異常にしたり、血液を固まらせたりする複数の成分が含まれる。一つが効かなくても他の成分で確実に仕留める仕組みだ。

続きはソースで

▽引用元:沖縄タイムス+プラス ニュース 2017年10月5日 05:00
http://www.okinawatimes.co.jp/articles/-/152065

▽関連
沖縄科学技術大学院大学(OIST)
2017-10-04  ハブの毒を初めてゲノム解読:ヘビ毒の進化を解明
https://www.oist.jp/ja/news-center/news/2017/10/4/31854
タイワンハブ(Protobothrops mucrosquamatus)は、沖縄において定着した外来種。
https://oist-prod-www.s3-ap-northeast-1.amazonaws.com/s3fs-public/photos/IMG_1166.jpg
サキシマハブ(Protobothrops elegans)は南西諸島に固有の種で、現在は沖縄県南部での定着も確認されている。西表島で捕獲したこの個体はキノボリトカゲを捕食していた。
https://oist-prod-www.s3-ap-northeast-1.amazonaws.com/s3fs-public/photos/IMG_0671.jpg
images


引用元: 【遺伝情報】ハブの毒に偶然の「進化」 ハブ毒のゲノムを初めて解読/沖縄科学技術大学院大など

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1: 2017/09/24(日) 23:36:03.64 ID:CAP_USER
藻類の酸性環境への適応戦略 -強酸性環境に生息する藻類のゲノム情報を解読-

Acidophilic green algal genome provides insights into adaptation to an acidic environment
Shunsuke Hirooka, Yuu Hirose, Yu Kanesaki, Sumio Higuchi, Takayuki Fujiwara, Ryo Onuma, Atsuko Era, Ryudo Ohbayashi, Akihiro Uzuka, Hisayoshi Nozaki, Hirofumi Yoshikawa, Shin-ya Miyagishima
PNAS September 11, 2017 DOI:10.1073/pnas.1707072114

プレスリリース資料
https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20170912.pdf

藻類は世界中の様々な環境に生息しています。多くの生物は生きることが難しいpH 2という胃酸並の酸性環境に生息する藻類も多く存在します。過酷な酸性環境にこれらの藻類はどのようにして適応したのでしょうか?

情報・システム機構国立遺伝学研究所の廣岡俊亮研究員、宮城島進也教授らと豊橋技術科学大学・広瀬侑助教、東京農業大学・兼崎友研究員、吉川博文教授、野尻湖水草復元研究会・樋口澄男氏、東京大学・野崎久義准教授らの共同グループは好酸性緑藻Chlamydomonas eustigmaのゲノムを解読し、好酸性緑藻のゲノムの特徴を見出すことにより、世界で初めて藻類の酸性環境への適応機構を明らかにしました。

本成果により、藻類の適応進化の理解が進むとともに、多くの生物の増殖を抑制する酸性環境で生育できる有用藻類の創出が期待されます。これによって、藻類の野外大量培養で問題となる他生物混入の解決が期待されます。

続きはソースで

▽引用元:国立遺伝学研究所 プレスリリース
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/09/research-highlights_ja/20170912.html
https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/RH20170912.jpg
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引用元: 【遺伝情報】藻類の酸性環境への適応戦略 強酸性環境に生息する藻類のゲノム情報を解読/国立遺伝学研究所©2ch.net

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1: 2017/09/24(日) 23:58:20.07 ID:CAP_USER
ヤムイモのゲノム配列の解読に世界で初めて成功 ―国際的な研究連携で西アフリカの農業問題に取り組む―

ポイント
・世界に先駆けて、西アフリカの重要な主食作物で、ヤムイモの一種であるギニアヤムの全ゲノム配列を解読
・ギニアヤムの性別を決定するゲノム領域を同定し、品種改良を加速できる性別判定マーカーを開発
・日本の研究機関が中心となった国内外の研究機関の連携協力により、西アフリカを中心とする世界の食料生産、栄養改善への貢献が期待できる

概要
公益財団法人 岩手生物工学研究センター(IBRC)、国立研究開発法人 国際農林水産業研究センター(JIRCAS)は、ナイジェリアにある国際熱帯農業研究所(IITA)との国際共同研究を通じて、アフリカにおける重要な作物、日本で栽培されているナガイモ、ジネンジョ等の仲間のひとつであるヤマノイモ属作物(ヤムイモ)「ギニアヤム」の全ゲノム配列の解読に、世界に先駆けて成功しました。
さらに解読した情報を基に、性別を決定する遺伝子の座乗するゲノム領域を同定し、幼植物期に性別を推定することができるDNAマーカーを開発しました。
このマーカーは、品種・系統によって雄、雌の性別が異なり開花するまでその性別が判断できないというヤムイモの品種改良の障壁を乗り越え、品種改良を加速化・効率化することに大きく貢献すると期待されます。
これらの成果は、ギニアヤムをはじめとするヤムイモの生産性や栄養価の改良を飛躍的に加速し、特に西アフリカにおける食料生産、栄養改善に貢献することが期待されます。

続きはソースで

▽引用元:国立研究開発法人 国際農林水産業研究センター | JIRCAS  平成29年9月19日
https://www.jircas.go.jp/ja/release/2017/press09

図1.西アフリカにおけるヤムイモの栽培(左)とヤムイモ市場(右)
https://www.jircas.go.jp/sites/default/files/201708/press2017_09_fig01.jpg
図2.ギニアヤムと主なモデル植物の遺伝子の比較
(a)ギニアヤムの植物体。(b)ギニアヤムのイモ。(c)ギニアヤムのゲノム解析による遺伝子と、ゲノム配列がわかっている主なモデル植物における遺伝子との比較。数字は遺伝子数。各区分で重複する部分には相同する遺伝子数を記載。
https://www.jircas.go.jp/sites/default/files/201708/press2017_09_fig02.jpg
ダウンロード (1)


引用元: 【遺伝情報】ヤムイモのゲノム配列の解読に世界で初めて成功 国際的な研究連携で西アフリカの農業問題に取り組む/JIRCASなど©2ch.net

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1: 2017/09/09(土) 00:27:51.10 ID:CAP_USER
雑穀シコクビエのゲノムを高精度で解読  食料安全保障と健康食品開発への貢献に期待

~『DNA Research』に掲載~
横浜市立大学 木原生物学研究所の清水健太郎客員教授のグループは、新型のDNA解析装置を開発したアメリカ・バイオナノ ゲノミクス社、およびスイス・チューリッヒ大学、インド・バンガロール農業大学との共同研究により、複数のDNAシークエンサー*1のデータを組み合わせてゲノム配列を再構成するコンピュータ解析技術を採用し、複雑なDNAゲノムを持つ雑穀シコクビエゲノムを高い精度で解読することに成功しました。
研究成果のポイント?

○イネゲノムより複雑な構造の雑穀シコクビエのゲノムを高精度で解読
○環境変動耐性や栄養価を高める品種改良に期待

シコクビエは異なる二倍体の親種のゲノムが組み合わさって遺伝子が倍増した倍数体*2であり、この複雑性のためにイネなどの主要穀物に比べDNAゲノム配列解析が困難でした。そのため、栄養価や環境耐性の高さといった重要な性質を有するにもかかわらず、解析対象から外された「孤児作物」「無視・低利用作物」と呼ばれてきました。通常、倍数体のような複雑なゲノムはDNAシークエンサーで読み取った断片的な塩基配列をつなぎ合わせてゲノムを再構成することが非常に困難なのですが、今回得られたゲノム配列は、全ゲノムの半分以上が250万塩基以上につながった精度の高いものであり、長年停滞していたシコクビエの研究・育種の加速が期待されます。すでに、インド・バンガロール農業大学のグループと共同で、インドやアフリカでの干ばつによる不作や栄養欠乏を解決するためのシコクビエの育種を進めています。さらに、本研究で用いたコンピュータ解析技術は、より複雑なDNAゲノムを持つコムギなどの他の生物への応用が期待されます。

本研究成果は、日本の国際学術雑誌 『DNA Research』(日本時間 平成29年9月5日付)にオンライン掲載されました。

続きはソースで

▽引用元:横浜市立大学 2017.09.06
http://www.yokohama-cu.ac.jp/res_pro/news/20170905_Shimizu.html

写真1(上): シコクビエの様々な品種の穂。形態からもその多様さが見て取れる。
写真2(下):インドでの試験栽培の様子。 (写真提供:バンガロール農業大学・チューリッヒ大学 Mathi Thumilan Balachadran博士)
http://www.yokohama-cu.ac.jp/res_pro/news/d8rann0000000w1y-img/20170905_Shimizu_ph.jpg
ダウンロード (1)


引用元: 【遺伝子】雑穀シコクビエのゲノムを高精度で解読  食料安全保障と健康食品開発への貢献に期待/横浜市立大©2ch.net

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