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解読

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1: 2017/09/09(土) 00:27:51.10 ID:CAP_USER
雑穀シコクビエのゲノムを高精度で解読  食料安全保障と健康食品開発への貢献に期待

~『DNA Research』に掲載~
横浜市立大学 木原生物学研究所の清水健太郎客員教授のグループは、新型のDNA解析装置を開発したアメリカ・バイオナノ ゲノミクス社、およびスイス・チューリッヒ大学、インド・バンガロール農業大学との共同研究により、複数のDNAシークエンサー*1のデータを組み合わせてゲノム配列を再構成するコンピュータ解析技術を採用し、複雑なDNAゲノムを持つ雑穀シコクビエゲノムを高い精度で解読することに成功しました。
研究成果のポイント?

○イネゲノムより複雑な構造の雑穀シコクビエのゲノムを高精度で解読
○環境変動耐性や栄養価を高める品種改良に期待

シコクビエは異なる二倍体の親種のゲノムが組み合わさって遺伝子が倍増した倍数体*2であり、この複雑性のためにイネなどの主要穀物に比べDNAゲノム配列解析が困難でした。そのため、栄養価や環境耐性の高さといった重要な性質を有するにもかかわらず、解析対象から外された「孤児作物」「無視・低利用作物」と呼ばれてきました。通常、倍数体のような複雑なゲノムはDNAシークエンサーで読み取った断片的な塩基配列をつなぎ合わせてゲノムを再構成することが非常に困難なのですが、今回得られたゲノム配列は、全ゲノムの半分以上が250万塩基以上につながった精度の高いものであり、長年停滞していたシコクビエの研究・育種の加速が期待されます。すでに、インド・バンガロール農業大学のグループと共同で、インドやアフリカでの干ばつによる不作や栄養欠乏を解決するためのシコクビエの育種を進めています。さらに、本研究で用いたコンピュータ解析技術は、より複雑なDNAゲノムを持つコムギなどの他の生物への応用が期待されます。

本研究成果は、日本の国際学術雑誌 『DNA Research』(日本時間 平成29年9月5日付)にオンライン掲載されました。

続きはソースで

▽引用元:横浜市立大学 2017.09.06
http://www.yokohama-cu.ac.jp/res_pro/news/20170905_Shimizu.html

写真1(上): シコクビエの様々な品種の穂。形態からもその多様さが見て取れる。
写真2(下):インドでの試験栽培の様子。 (写真提供:バンガロール農業大学・チューリッヒ大学 Mathi Thumilan Balachadran博士)
http://www.yokohama-cu.ac.jp/res_pro/news/d8rann0000000w1y-img/20170905_Shimizu_ph.jpg
ダウンロード (1)


引用元: 【遺伝子】雑穀シコクビエのゲノムを高精度で解読  食料安全保障と健康食品開発への貢献に期待/横浜市立大©2ch.net

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1: 2017/08/31(木) 23:11:15.52 ID:CAP_USER9
http://jp.mobile.reuters.com/article/technologyNews/idJPKCN1BB16M

[東京 31日 ロイター] - 次世代コンピューターの開発競争が過熱している。米IBM(IBM.N)などが本命とされる量子コンピューターの開発競争でリードする一方、NTT(9432.T)など日本勢は「組み合わせ最適化問題」の解決に特化したコンピューターで一足先の実用化を目指している。

だが、将来の産業社会で主導権を握るには「本命」の開発は避けて通れない。危機感を持つ文部科学省は来年度予算の概算要求に光・量子技術の推進費として32億円を盛り込んだが、欧米に比べ1ケタ少なく、研究者の間からは予算の格差を危惧する声も聞かれる。

<限界打破の決め手>

「半導体の集積密度は、18カ月で2倍になる」というコンピューターの性能向上を支えてきたムーアの法則。だが、半導体の微細化は限界に近づき、最近ではその終えんもささやかれるようになってきた。

この状況を打破する決め手として注目されているのが、量子コンピューターだ。

従来のコンピューターでは、0か1のいずれかの値をとるが、量子コンピューターは0でもあり、1でもあるという量子力学の「重ね合わせ」という概念を利用するため、複数の計算を同時にできるのが特徴だ。

基本単位は「量子ビット」と呼ばれ、量子ビットの数をnとすると、最大で「2のn乗」通りの計算を同時に行える。

続きはソースで

2017年 8月 31日 7:23 PM JST
ダウンロード


引用元: 【技術】量子コンピューター、来年度予算に32億円 米国先行に危機感 [無断転載禁止]©2ch.net

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1: 2017/05/24(水) 07:59:57.46 ID:CAP_USER9
 人工知能(AI)技術を使い、人間が見たり想像したりしている物が何かを脳の活動から推定する方法を、京都大の神谷之康教授らのグループが開発、英科学誌ネイチャーコミュニケーションズに22日発表した。脳の活動を読み取って機械を動かすブレーン・マシン・インターフェース(BMI)の技術などに応用できそうだ。

 脳の解読技術の多くは、物体を見ている際の脳の活動パターンが解析された「学習済み」のものしか予測対象にできなかった。グループは、AIの画像認識性能の向上を踏まえ、脳の情報伝達ネットワークをヒントに作られた人工知能モデルを使い、任意の物体の予測を目指した。

続きはソースで

(編集委員・瀬川茂子)

2017年5月24日7時18分 朝日新聞
http://www.asahi.com/articles/ASK5Q46M3K5QPLZU001.html
ダウンロード (3)


引用元: 【科学】ヒトの想像、AIにばれる? 京大教授らが新手法発表 [無断転載禁止]©2ch.net

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1: 2017/04/07(金) 00:27:30.19 ID:CAP_USER
オニヒトデのゲノム解読

研究成果のポイント

・沖縄とオーストラリア・グレートバリアリーフの二箇所から、サンゴを食い荒らすオニヒトデのゲノムを解読(オニヒトデの全ゲノム解読は世界初)。
・5,000キロも離れた二つのゲノムが極めて似通っていることから、オニヒトデがごく短期間で広範囲に大量発生していることを示唆。
・オニヒトデは、別のオニヒトデが発する誘引物質に反応し集まることを確認。
・オニヒトデに特異なコミュニケーションの誘引物質候補を同定。
・誘引物質を受け取る側の受容体が「臭い」に関わるものであることを確認。
・生物科学に基づいた、有効なオニヒトデ駆除方法の開発に期待。
 
概要 

沖縄科学技術大学院大学(OIST)は、オーストラリアの研究者と共同で、オニヒトデのゲノムを解読し、オニヒトデ同士が種に特異的なコミュニケーションに使っていると思われるタンパク質の候補の同定に成功しました。

オニヒトデは沖縄やグレートバリアリーフの海でサンゴを食い荒らし、サンゴ礁保全の観点から甚大な被害を及ぼしています。特に沖縄では、この40年以上に渡り、年平均10万匹を人の手により一匹ずつ取り除くなど、オニヒトデの駆除に取組んできていますが、こうした活動では全ての海域を守ることは困難です。
こうした中、本研究の成果により、オニヒトデの駆除及び制御に向けた生物科学的な第一歩が踏み出されたと言えます。
 
本研究成果は、英国の科学誌Natureに掲載されます。

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▽引用元:沖縄科学技術大学院大学 2017-04-06 ニュース
https://www.oist.jp/ja/news-center/press-releases/29805

左:オニヒトデ(COTS)右:サンゴを捕食しているオニヒトデ。捕食後、手前のサンゴのように白化が生じる。
(写真提供:左:沖縄県環境科学センター 右:オーストラリア海洋研究所(AIMS))
https://oist-prod-www.s3-ap-northeast-1.amazonaws.com/s3fs-public/styles/large/public/photos/COTS_fig1.jpg

▽関連
Nature (2017) doi:10.1038/nature22033
Received 21 June 2016 Accepted 05 March 2017 Published online 05 April 2017
The crown-of-thorns starfish genome as a guide for biocontrol of this coral reef pest
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature22033.html
ダウンロード


引用元: 【遺伝子学】オニヒトデのゲノム解読 別のオニヒトデが発する誘引物質に反応し集まることを確認 駆除方法の開発に期待/OIST©2ch.net

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1: 2017/02/13(月) 22:38:48.77 ID:CAP_USER
食虫植物フクロユキノシタのゲノム解読で食虫性の進化解明への糸口を開く

学際科学実験センターの西山智明助教が参加する国際研究グループは,オーストラリア原産の食虫植物フクロユキノシタ(図1)の約20億塩基対(>>1)の核ゲノム(全遺伝子情報)の概要塩基配列の解読に成功しました。

通常の植物は栄養分を根から吸収しますが,食虫植物は捕虫葉で小動物を誘引・捕獲・消化・吸収しています(図2)。
ダーウィンに端を発する現代の進化仮説では,生物は突然変異によって生じた変異が,自然選択によって集団内に残ることによって進化するとされていますが,食虫植物のように,小動物の誘引・捕獲・消化・吸収といったいくつかの進化が重なることによって初めて適応的となる進化の仕組みは謎に包まれていました。
研究チームは,どのような遺伝子がどのように変化することによって食虫性が進化したかを解明するため,食虫植物フクロユキノシタのゲノム解読を開始。
概要塩基配列の解読に成功しました。
さらに,フクロユキノシタの平面葉と捕虫葉を,培養温度の違いによって作り分けさせることに成功し,平面葉だけを作る温度で育てたフクロユキノシタと,捕虫葉だけを作る温度で育てたフクロユキノシタを比較することで,食虫性の進化の鍵となる誘引・捕獲・消化・吸収に関わる遺伝子候補が見つかりました。

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▽引用元:金沢大学> 研究トピック 登録日:2017年2月7日
http://www.kanazawa-u.ac.jp/rd/43672

図1 フクロユキノシタ
http://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2017/02/fukuroyukinoshita-eyecatch-300x225.jpg
図2 普通の植物(非食虫植物)と食虫植物の栄養分の取り方の違い
http://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2017/02/eiyoutorikata-1024x761.jpg
images


引用元: 【遺伝子】食虫植物フクロユキノシタのゲノム解読で食虫性の進化解明への糸口を開く/金沢大学など©2ch.net

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1: 2017/02/11(土) 00:39:58.62 ID:CAP_USER
奇跡の穀物キヌア、ゲノムほぼ解読 世界食糧供給の一助となるか
2017年02月09日 10:25 発信地:パリ/フランス

【2月9日 AFP】数百年前に南米アンデス(Andes)山脈のインカ(Inca)帝国で栽培されていた穀物キヌア(キノア、キンワとも)のほぼ完全なゲノム(全遺伝情報)を解読したとの研究結果が8日、発表された。
研究者らは、世界の飢餓問題解決の助けになる可能性があるとしている。
 
原産地以外では、欧米の健康食品愛好家らに最も良く知られているキヌアは、専門家らによると、栄養価が非常に高く、グルテンフリーで、必須アミノ酸、食物繊維、ビタミン、ミネラルなどを豊富に含んでいるという。
 
また、他の穀物に比べて「グリセミック指数(GI値)」が低い。
血糖値の上昇のしやすさを示すGI値の高さは、糖尿病患者にとって大きな懸念事項だ。
 
キヌアは、海抜4000メートル以下の大半の食用植物が生育困難な条件下でも育つ。

続きはソースで

▽引用元:AFPBBNews 2017年02月09日 10:25 発信地:パリ/フランス
http://www.afpbb.com/articles/-/3117177 
http://www.afpbb.com/articles/-/3117177?pid=0&page=2

▽関連
Nature 1?6 (2017) doi:10.1038/nature21370
Received 21 June 2016 Accepted 08 January 2017 Published online 08 February 2017
The genome of Chenopodium quinoa
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature21370.html
images


引用元: 【遺伝子】奇跡の穀物キヌア、ゲノムほぼ解読 世界食糧供給の一助となるか©2ch.net

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