理系にゅーす

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配列

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1: 2019/03/30(土) 13:47:37.72 ID:CAP_USER
理化学研究所の鎌谷洋一郎チームリーダーらは、日本人約16万人の遺伝情報を解析し、たばこへの依存のしやすさと本人の遺伝的な特徴に相関があることを明らかにした。欧米の先行研究で報告されていない、日本人特有の遺伝的な特徴が分かった。依存のしやすさに合わせて禁煙の方法を変えれば、より効果的な禁煙治療が可能になる。


依存のしやすさに合わせて禁煙の方法を変えれば、より効果的な禁煙治療が可能になる
人のゲノム(全遺伝情報)の配列はほとんど共通しているが、一人ひとりわずかに違いがある。鎌谷チームリーダーらは、こうした個人ごとの配列の違いと、喫煙の有無や1日あたりの喫煙本数の多さといった喫煙習慣がどう関連しているかを解析した。

すると、たばこをよく吸う人に共通してみられる配列の違いがゲノム全体で9カ所みつかった。

続きはソースで

日本経済新聞
https://www.nikkei.com/article/DGXMZO42904090W9A320C1X90000/
ダウンロード (1)


引用元: 【医学】日本人のたばこ依存、遺伝と相関 理研が解析[03/26]

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1: 2019/03/19(火) 13:47:46.74 ID:CAP_USER
■8000年におよぶイベリア半島の古代人DNA、4500年前にいったい何が?

人類の移動が始まって以来、現在のスペインとポルトガルが位置するイベリア半島は、アフリカ、欧州、地中海沿岸の文化が混じり合う場所だ。

 8000年にわたるこのイベリア半島の古代人の遺伝的特徴をまとめた新たな論文が、遺伝学者と考古学者からなる111人の研究チームにより、2019年3月15日付けで学術誌「サイエンス」に発表された。論文によると、遺伝子は非常に複雑に入り混じっているという。また、約4500年前に謎の大移動が始まり、それだけで古代イベリア人男性のDNAが完全に一新されたことが示唆された。

 いつ、どのように、イベリア半島へさまざまな人々がやってきたのかを探るため、研究チームはDNAに刻まれた痕跡を調べた。古代イベリア人271人のゲノム配列を決定し、これまでに公表された別の132人のデータと統合した。

 結果は、予想以上に複雑だった。

■男性はすべて置き換わっていた

 イベリア半島の古代人の遺伝子構成は、青銅器時代に劇的に変化し始めた。紀元前2500年頃から、黒海とカスピ海周辺のステップ地帯に暮らしていた人々に関連する遺伝子が、イベリア半島の人々から検出され始める。その後、古代イベリア人のDNAの多くが、ステップ地帯の人々のDNAで置き換えられた。

 インド・ヨーロッパ語族を広めたのはステップの人々だったという仮説がある。その「ステップ仮説」では、ステップの人々はほぼ同時期に、東はアジアへ、西はヨーロッパへと広がったとされる。今回の論文は、彼らがイベリアにも到達していたことを示している。その前後で、イベリアの人々の60パーセントにはステップ由来の遺伝子が加わらなかったが、Y染色体は紀元前2000年までにほぼ置き換わった。Y染色体を持つのは男性のみであるため、ステップ地帯から男性が大量に流入したことが示唆される。


「影響は男性にとても偏っていたようです」とナショナル ジオグラフィック協会の上級プログラムオフィサーを務める遺伝人類学者ミゲル・ビラー氏は話す。なお、氏は今回の研究に関わっていない。

 やって来た男性は何者だろうか? 争いはなかったのか? ビラー氏は、ステップの男性は、馬に乗り青銅器を携えてイベリア半島にやって来て、青銅器時代の到来を告げたのではないかと推測している。同氏はこの移動の影響を、1490年代に欧州人が上陸した際に、南北米大陸の先住民が直面した事態になぞらえた。

「欧州の端から端まで広がる大移動に成功し、いまだにこの西端の地に多大な影響を及ぼしているのです」とビラー氏。

 その頃、青銅器が使われ始めたこと以外に、ステップ文化の明らかな痕跡はイベリアでまだ見つかっていない。一方、今回の研究により、西欧でインド・ヨーロッパ語族ではない唯一の言語を話す現代のバスク人が、ステップの人々と非常に近い遺伝子マーカーを持っていることがはっきりと示された。

続きはソースで

https://cdn-natgeo.nikkeibp.co.jp/atcl/news/19/031800167/ph_thumb.jpg

ナショナルジオグラフィック日本版サイト
https://natgeo.nikkeibp.co.jp/atcl/news/19/031800167/
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引用元: 【古代】古代南欧で謎の「男性大量流入」、DNA調査で判明 4500年前にいったい何が?[03/19]

古代南欧で謎の「男性大量流入」、DNA調査で判明 4500年前にいったい何が?の続きを読む

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1: 2018/12/14(金) 15:39:40.84 ID:CAP_USER
 岡山大学、東京大学、北里大学の共同研究グループは、メダカ野生集団の網羅的ゲノム配列情報を用いて、日本列島内のメダカの拡散ルートを明らかにした。

 日本列島に住むメダカは、大きく南日本メダカと北日本メダカの2つに分けられると考えられてきた。しかしながら、2つのグループの遺伝的関係や、各々がどのように生息域を広げてきたかについては、ほとんど調べられていなかった。また、京都・兵庫の北部である但馬・丹後地方には、それら 2 つのグループが交雑によって成立したハイブリッド集団がいるとされていたが、その形成史についてはほとんど不明であった。

 今回、同研究グループは、東京大学で35年以上維持されている全国の野生メダカ系統維持群と佐賀県で採取した・・・

続きはソースで

論文情報:【G3: Genes, Genomes, Genetics】Medaka population genome structure and demographic history described via genotyping-by-sequencing
http://www.g3journal.org/content/early/2018/11/26/g3.118.200779

https://pbs.twimg.com/media/DuVE9a4VsAAyTPY.jpg

https://univ-journal.jp/24006/
ダウンロード


引用元: 【ゲノム解析】日本列島のメダカの起源がゲノム解析から明らかに[12/14]

【ゲノム解析】日本列島のメダカの起源がゲノム解析から明らかにの続きを読む

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1: 2018/12/12(水) 14:39:14.08 ID:CAP_USER
イタリアのパヴィア大学の研究チームは、IBMの5キュービットの量子プロセッサー上にパーセプトロンを実装し、単純なパターンの初歩的な分類ができることを確認した。その後、IBMは16キュービットの量子プロセッサーをWeb上で利用できるようにしており、量子パーセプトロンの性能が飛躍的に向上するのは時間の問題だ。

コンピューティング革命超初期の1958年、米海軍海事技術本部(ONR:Office of Naval Research)は記者会見を開き、コーネル航空研究所(Cornell Aeronautical Laboratory)の心理学者フランク・ローゼンブラットが考案した装置を発表した。ローゼンブラットはこの装置をパーセプトロンと呼んだ。ニューヨーク・タイムズ紙はパーセプトロンを「将来的に歩行、会話、視覚、筆記、自己複製、自己存在の意識が可能になると(米海軍が)期待する電子計算機の萌芽」だと伝えた。

のちに、この主張は誇張だったことが分かったが、ローゼンブラットが開発した装置は、現在でも大きな可能性を秘めた人工知能分野の研究を爆発的に推し進めた。

パーセプトロンは単層ニューラル・ネットワークだ。近年、注目を集めている深層学習ネットワークはパーセプトロンが起源となっている。

続きはソースで

https://www.technologyreview.jp/s/113200/machine-learning-meet-quantum-computing/
ダウンロード (6)



引用元: 量子機械学習の一歩踏み出す、伊チームがパーセプトロン実装に成功[12/12]

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1: 2018/11/26(月) 15:30:40.10 ID:CAP_USER
ヒトの遺伝情報が収められたヒトゲノムの研究が進んでおり、「標準的な配列」とされるリファレンス配列の最新のデータセット「GRCh38」が2013年12月に公表されていますが、この中でもまだ多くの部分は未解明のまま残されています。ジョン・ホプキンス大学の研究者らによる研究チームは、アフリカにルーツを持つ910人のゲノムを解析し、全体の10%に相当するこれまで未解明だった部分の解明に成功したと発表しました。

Assembly of a pan-genome from deep sequencing of 910 humans of African descent | Nature Genetics
https://www.nature.com/articles/s41588-018-0273-y

DNA data from Africans reveals sequences that we’d missed | Ars Technica
https://arstechnica.com/science/2018/11/our-human-reference-genome-is-missing-a-lot-of-material/

ヒトゲノムのレファレンス配列を得る際、これまでは数名程度のゲノムから得られたデータが用いられていただけであり、GRCh38の大部分はたった1人のDNAをもとに作られていたとのこと。この状態で「レファレンス」と呼ぶかどうかについてはさまざまな見方が存在しており、多くの研究者がさらに広範囲なゲノム情報をもとに作られたレファレンス配列の研究に従事しています。
https://i.gzn.jp/img/2018/11/26/missing-dna-found-from-african-root/10_m.png

その中でも特に重要とされるのが、さまざまな人種のグループを横断したデータにもとづくレファレンス配列の解明であり、今回発表された研究ではその一環としてアフリカ系のゲノム解析が進められてきたそうです。対象とされたのは上記の通りアフリカにルーツを持つ人々ですが、これは必ずしもアフリカに住む人だけというわけではなく、アメリカやアジア、ヨーロッパなどの地域に住む人々も含まれているとのこと。

続きはソースで

https://i.gzn.jp/img/2018/11/26/missing-dna-found-from-african-root/01_m.png

https://i.gzn.jp/img/2018/11/26/missing-dna-found-from-african-root/02_m.png

GIGAZINE
https://gigazine.net/news/20181126-missing-dna-found-from-african-root/
ダウンロード (5)


引用元: 【人類学】ヒトゲノムで未解明だった10%のデータがアフリカ系のDNAから見つかる[11/26]

ヒトゲノムで未解明だった10%のデータがアフリカ系のDNAから見つかるの続きを読む

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1: 2018/10/14(日) 19:46:09.60 ID:CAP_USER
 南米の川岸に生息するカピバラ。性格が穏やかな草食動物として知られる。ただ、体重は人間1人分になることもあり、現生のげっ歯類で一番大きい。近縁の動物と比べても体重は60倍もあり、なぜげっ歯類の中でカピバラだけが大きくなれたのか、長い間謎だった。最新研究で、その答えの一つが明らかになった。

 2018年9月23日付けで論文投稿サイト「bioRxiv」に発表された最新の研究によれば、コロンビア、スウェーデン、米国の研究者チームがカピバラのDNA配列を解読した。これによって、カピバラの大型化をもたらした仕組みを示すヒントが得られたほか、抗がんメカニズムに関係するとみられる遺伝子シグネチャーが発見された。これは新しい治療法の開発につながる可能性を秘めている。

 論文筆頭著者のサンティアゴ・ヘレーラ=アルバレス氏は、コロンビアのロスアンデス大学で修士課程の大学院生だった頃、カピバラを研究し始めた。2014年から2015年にかけての干ばつでコロンビアの多くの川は干上がり、地方の土地は乾ききっていた。ところが、食物とする植生が減ったにもかかわらず、カピバラは干ばつの直接的な影響を受けなかった。そこで、ヘレーラ=アルバレス氏は、このやたらに可愛い動物が、そもそもどのように進化してきたのかに興味を持った。

 「カピバラは、南米のカリスマ的な動物なんです」とヘレーラ=アルバレス氏は言う。

■こうして「巨大化」した

 カピバラの祖先はアフリカ大陸で約8000万年前に登場し、そのおよそ4000万年後に南米大陸に到達した。親戚筋にあたる動物たちは皆、ごく普通のサイズのげっ歯類だ。たとえば、ブラジル東部の低木地帯に生息する近縁のげっ歯類モコの体重は、1キロにも満たない。

 米デューク大学の進化生物学者V・ルイーズ・ロス氏によれば、げっ歯類の多くが小さいのは、身を隠しやすく、体の大きな捕食者に捕まりにくいからだ。しかし、カピバラの祖先が南米にやってきた頃、そこには全くと言っていいほど捕食者がいなかった。おかげで祖先たちは、大型化し始めることができた可能性がある。

 「捕食者がいなければ、げっ歯類の動物たちを小さいままに留めておく進化的圧力は小さくなります」とロス氏は説明する。

 今回の研究によると、カピバラが桁違いに大きくなることができた秘密が、DNAの中に隠されていたという。カピバラを含むテンジクネズミ小目の動物は皆、独自の型のインスリンを持っているのだ。

 インスリンには、血糖を調整する以外にも、細胞分裂を促す役割がある。ヘレーラ=アルバレス氏らの研究によると、カピバラはインスリンを多く分泌するわけではない。何百万年もの自然選択を経て、細胞分裂を促すインスリンの能力が高まった結果、体の大型化に拍車がかかり、体重50キロに及ぶ毛むくじゃらの巨大動物へと進化してきたという。

■がんになりにくいのはなぜ?

 とはいえ、体がこれほど大きくなることにはデメリットもある。食物を多く要することのほか、カピバラは増大するがんのリスクと闘わなければならなかった。

 各細胞が悪性化する確率が同じだとすると、多くの細胞からなる動物のほうががんになる可能性が高いはずだ。が、実態はそうではない。たとえば、ゾウはネズミの何千倍、何万倍も大きいが、がんになる確率は変わらない。これは「ペトのパラドックス」として知られ、大型の動物はがんを予防するために様々なメカニズムを進化させてきたことがわかっている。

続きはソースで

https://style.nikkei.com/article/DGXMZO36181180V01C18A0000000
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引用元: がんの新免疫療法のヒント? カピバラ大型化の秘密[10/13]

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