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スーパーコンピュータ

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1: 依頼@ベガスφ ★ 2013/10/04(金) 21:36:31.03 ID:???

"東大、がん治療の標的遺伝子スピード特定 治療薬開発効率化 "

東京大学医科学研究所の宮野悟教授らはスーパーコンピューターを使い、がん治療の標的となりそうな遺伝子を効率よく探し出す手法を開発した。
この手法を生かして3カ月で、がん転移にかかわるとみられる遺伝子を新たに10種類見つけた。
従来は数年かけて1種類の遺伝子を特定する例が多かった。
抗がん剤の開発スピード向上につながると期待している。

成果は3日から横浜市で始まる日本癌(がん)学会で発表する。
転移や薬剤耐性などに関する遺伝子が分かれば創薬の糸口になる。

経済学やマーケティングなどで使う因果関係を調べる統計手法を遺伝子解析に応用した。
遺伝子は影響しあっており、ある遺伝子がつくったたんぱく質は、他の遺伝子がつくるたんぱく質の量を左右する。
たんぱく質量に関わる大量のデータから相互の関係をスパコンで予測し、がんの性質にかかわる遺伝子候補を短時間で見つける。

実験では700種類のがん細胞で働く1万種類以上の遺伝子をスパコンで調べた。
がん転移にかかわるとみられる遺伝子が24種類特定できた。このうち14個はすでに転移関連遺伝子だと知られており、新手法が有効だと確かめられた。
理化学研究所のスパコン「京」を活用できれば、計算時間は1時間ですむという。

従来は遺伝子を1つずつ実験で調べて働きを解明するのが一般的で、膨大な時間がかかっていた。

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2013/10/2 13:16
http://www.nikkei.com/article/DGXNASGG01014_S3A001C1CR0000/



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1: ウィンストンρ ★ 2013/09/21(土) 10:41:25.00 ID:???

理化学研究所や東京大などの研究チームは20日、スーパーコンピューター「京」を使い、全地球の大気の状況を世界最高の精密さでシミュレーション(模擬実験)することに成功したと発表した。
積乱雲一つ一つの内部の構造も再現できるため、台風や局地豪雨が発生するメカニズムの解明に役立つという。

同研究所によると、京では地球全体を水平方向で870メートル四方のマス目に区切って、それぞれのマス目の大気の状態や相互の影響を計算することができるようになった。

従来のスパコンでは、3・5キロ・メートル四方のマス目での計算が限界だった。
垂直方向では、従来は約800メートルに区切っていたところを、約400メートルまで細かくできるようになった。
実際の気象データを使って計算したところ、細かな雲の形のほか、積乱雲の中で強い上昇気流が発生している場所なども再現できることがわかった。

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(2013年9月21日07時57分 読売新聞) 

ソース 読売新聞
http://www.yomiuri.co.jp/science/news/20130921-OYT1T00209.htm



【スパコン/気象】理化学研究所や東京大などの研究チーム、全地球の大気の状況を「京」で計算し模擬実験することに成功と発表の続きを読む

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1: ケンシロウとユリア百式φ ★ 2013/08/03(土) 22:27:49.91 ID:???

理化学研究所(理研、野依良治理事長)、ユーリッヒ研究所(アヒム・バッケム所長)、沖縄科学技術大学院大学(OIST、ジョナサン・ドーファン学長)は、2013年7月にスーパーコンピュータ「京(けい)」の全計算ノード82,944個(約70万個のCPUコア)を使用した、17億3,000万個の神経細胞が10兆4,000億個のシナプスで結合された神経回路のシミュレーションに成功し、ヒト脳の神経回路の全容解明に向けた第一歩を踏みだしました。
これは、理研が代表機関となっている「HPCI戦略プログラム 戦略分野1:予測する生命科学・医療および創薬基盤」を中心とした合同チームとドイツ・ユーリッヒ研究所の神経科学・医学研究所(マーカス・ディースマン所長)と、理研脳科学総合研究センター(BSI、利根川進センター長)、OISTとの共同研究グループの成果です。

「京」による今回のシミュレーションは、脳の神経回路のシミュレーションとしては世界最大で、従来の記録を神経細胞数で 6%、シナプス数で16%上回りました。この成功は、ヒトの脳の学習機能などを精密かつ自在に表現するシミュレーションの開発につながるものです。
また、色々なモデル化ができ、パソコンからスパコンまで利用可能な汎用な脳神経回路シミュレータ「NEST」を用いて行ったことにも大きな意味があります(図1)。NESTはオープンソースソフトとして公開され、世界中の神経科学者が使用することが可能なため、この分野の国際標準になることが期待できます。

図1:JUQUEEN によるNESTと「京」によるNESTのシミュレーション結果の比較
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http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2013/20130802_1/fig1.gif
ユーリッヒ研究所が保有するスパコン「JUGENE」(前システム)、「JUQUEEN」(現システム)と理研が保有するスパコン「京」それぞれによるNESTのシミュレーション結果の比較。
青がJUGENE、水色がJUQUEEN、赤が「京」による計算を示す。
「京」の方がコアあたりのメモリー量が多いため、大規模なシミュレーションが可能となった。

また、今回のシミュレーションは、これまで開発されたシミュレーション技術と「京」の生物学応用の限界を確認する意味もありました。結果として、生物学的には1秒間に相当することを「京」では計算に40分かかかりました。この1秒間に各神経細胞は平均して4.4回発火しており、これはモデル化した大脳皮質の神経細胞の実際の発火頻度とほぼ一致しています。

今回シミュレーションに成功した神経回路は、脳科学における実験動物として注目されているマーモセットなどの、小型霊長類のサルの全脳の規模に達しています。共同研究グループが長期的にモデル化を目指しているヒト脳の神経回路は巨大であり、今回の回路はその1%程度の規模に過ぎませんが、動物を用いた実験的基礎研究と、このようなシミュレーションの積み重ねを通して、最終的には人間の脳の仕組みを解明していくことが期待できます。
また、今回の成功で、ヒトの脳全体のシミュレーションに必要なメモリー量と計算速度の比率が分かり、今後のスパコンの設計に役立つ指針が得られました。

「京」は、演算処理速度の面では2012年以降スパコンランキングのランクを落としていますが、メモリー量という点では「京」は現在でも最高水準で(表1)、脳の神経回路のシミュレーションなどに適しており、今後も「京」の活用の期待が高まります。

※表1はソース元でご確認下さい。

ソース:理化学研究所(2013年8月2日)
http://www.riken.jp/pr/topics/2013/20130802_2/
※ソース元にNESTやISLMなどの補足説明がございます。



【神経】スパコン「京(けい)」を使い10兆個結合の神経回路シミュレーションに成功…世界最大最大規模/理研などの続きを読む

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1: 九段の社で待っててねφ ★ 2013/06/17(月) 18:39:26.28 ID:???0

 世界のスーパーコンピューターの性能ランキング「TOP500」が17日、ドイツで開催中の国際会議で発表され、前回(昨年11月)3位だった理化学研究所の「京(けい)」(神戸市)は4位に後退した。1位は2年半ぶりに中国が奪還し、米国は2位に転落した。

 1位は中国・国防科学技術大学の「天河2」。計算速度は毎秒3京3862兆回(京は1兆の1万倍)で、2位の米オークリッジ国立研究所の「タイタン」の約1・9倍、「京」の約3・2倍を達成した。3位、5位は米国勢が占めた。

 京は理研と富士通が共同開発。平成23(2011)年6月、同8162兆回の計算速度で日本勢として7年ぶりに世界一を達成。同年11月、同1京510兆回に性能を高め連覇したが、米中の激しい追い上げで順位を下げている。日本は世界一奪還を目指し来年度、京の100倍の性能を持つ次世代機の開発に着手する 

ソース   msn産経ニュース 2013年6月17日
http://sankei.jp.msn.com/life/news/130617/trd13061717340014-n1.htm
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